종중 토지 수용과 양도세 쟁점, 전문가 리포트
종중이 보유한 임야나 농지가 공익사업 부지에 편입되어 수용 절차를 밟게 되는 사례가 매년 증가하고 있습니다. 문제는 대부분의 종중 토지가 종중원 개인 명의로 명의신탁되어 있거나, 종중이 세법상 어떤 지위에 있는지조차 정리되지 않은 상태에서 보상 절차가 진행된다는 점입니다.
이 경우 과세관청이 어떤 세목을, 누구를 납세의무자로 하여 부과하느냐에 따라 세부담의 크기가 수배 이상 벌어질 수 있습니다. 본 리포트에서는 종중 토지 수용 시 발생하는 양도소득세와 법인세의 과세 관계, 명의신탁 정리에 따른 실질과세 쟁점, 그리고 실무에서 적용 가능한 절세 전략을 조문과 실제 결정례를 근거로 정리합니다.
종중 토지, 세법상 납세의무자는 누구인가
종중은 민법상 권리능력 없는 사단으로, 부동산 등기명의를 종중 자체 명의로 하는 것이 원칙이나 실무상 여러 이유로 종중원 개인에게 명의신탁된 경우가 많습니다. 그런데 세법은 등기부상 명의가 아니라 실질 귀속자를 기준으로 과세하므로, 수용보상금이 누구에게 실질적으로 귀속되는지에 따라 과세방식이 완전히 달라집니다.
국세기본법 제13조는 법인이 아닌 사단·재단·단체 중 일정 요건을 갖춘 것을 세법 적용상 법인으로 의제합니다. 종중의 세법상 지위는 다음 두 가지로 나뉩니다.
1. 당연히 법인으로 보는 단체(국세기본법 §13①)
주무관청에 등록되어 있으나 등기되지 않은 단체 등 법정 요건을 충족하는 경우로, 별도 승인 절차 없이 법인으로 취급됩니다.
2. 신청에 의해 법인으로 보는 단체(국세기본법 §13②)
대표자나 관리인이 정해져 있고 이익을 구성원에게 분배하지 않는 등 요건을 갖춘 종중이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받는 경우입니다. 대다수의 종중은 이 유형에 해당합니다.
법인으로 승인받지 못한 종중은 세법상 1거주자로 취급되어, 대표자나 관리인이 종중을 대표하여 양도소득세를 신고·납부해야 합니다. 반면 법인으로 승인받은 종중은 비영리내국법인에 해당하여, 토지 처분소득에 대해 법인세법 제62조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2에 따른 양도소득에 대한 법인세 특별세율 신고 대상이 됩니다.
핵심은 수용 시점 이전에 종중의 세법상 지위가 어느 쪽으로 정리되어 있는지에 따라 세율 구조와 감면 적용 여부가 크게 달라진다는 점입니다.
명의신탁 토지가 수용될 때 실무상 쟁점
1. 부동산실명법상 종중 특례
부동산실명법(부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률) 제8조는 조세 포탈, 강제집행의 면탈, 법령상 제한의 회피 목적이 없는 한 종중이 종중 재산을 종중원 명의로 등기하는 것을 예외적으로 허용하고 있습니다. 따라서 종중 명의신탁 자체는 원칙적으로 적법하며, 과징금이나 이행강제금 부과 대상이 되지 않습니다.
다만 농지의 경우는 사정이 다릅니다. 농지법상 종중은 원칙적으로 농지를 취득할 수 없는 주체이므로, 종중이 농지를 종중원에게 명의신탁한 경우 이는 법령상 제한을 회피할 목적으로 보아 부동산실명법 제8조의 특례가 적용되지 않는다는 것이 다수의 판례와 실무 해석입니다. 이 경우 명의신탁약정이 무효로 판단될 위험이 있으므로, 종중 소유 농지의 수용을 앞두고 있다면 명의신탁의 적법성부터 먼저 점검해야 합니다.
2. 수용보상금의 귀속과 실질과세 원칙
명의수탁자가 종중원 개인인 상태에서 토지가 수용되면, 사업시행자는 등기부상 소유자인 수탁자에게 보상금을 지급하거나 공탁하게 됩니다. 이때 수탁자가 보상금을 수령할 자격 자체는 인정되지만, 실질적인 소유권은 여전히 신탁자인 종중에 있으므로 신탁자는 수탁자를 상대로 보상금의 반환을 청구할 수 있습니다(대법원 2021. 9. 9. 선고 2018다284233 전원합의체 판결).
국세기본법 제14조가 규정하는 실질과세 원칙에 따라, 과세대상 소득의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속자가 따로 있는 경우에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 봅니다. 따라서 명의수탁자 명의로 보상금이 지급되었더라도, 실질 소유자인 종중을 납세의무자로 하여 양도소득세 또는 법인세가 부과되는 것이 원칙입니다.
실무상 유의할 점은, 명의수탁자가 마치 본인의 재산인 것처럼 별도로 양도소득세를 신고·납부해 버리는 사례가 적지 않다는 것입니다. 이 경우 추후 실질귀속자인 종중 앞으로 과세관청이 별도 과세처분을 하면 이중과세 분쟁이 발생할 수 있으므로, 수용 절차 초기 단계에서부터 종중 명의로 신고주체를 명확히 정리해 두는 작업이 필수적입니다.
3. 양도소득세·법인세 세율 및 감면 비교
종중의 세법상 지위(1거주자 vs 법인으로 보는 단체)에 따라 적용되는 세목과 세율 체계가 다릅니다. 아래는 공익사업 수용을 전제로 한 핵심 비교입니다.
조세특례제한법 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면율은 2026년 12월 31일까지 양도하는 분에 대해 다음과 같이 적용됩니다.
단, 이 감면은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지에 한하여 적용되며, 과세기간별 2억 원, 5개 과세기간 합계 2억 원의 한도가 있습니다. 또한 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 별도로 신고·납부해야 한다는 점을 반드시 유의하시기 바랍니다.
# 전문가의 시선 : 실전 절세 전략
수용이 예정된 종중 토지가 있다면, 수용 협의 개시 전에 종중을 국세기본법 제13조 제2항에 따른 '법인으로 보는 단체'로 승인받아 두는 방안을 우선 검토해야 합니다. 그 이유는 다음과 같습니다.
1. 법인세 과세대상 제외
승인받은 종중이 정관상 고유목적사업(분묘관리, 제사, 족보 간행 등)에 3년 이상 계속 사용한 부동산을 처분한 경우, 그 처분이익은 법인세 과세대상에서 제외될 수 있습니다.
2. 법인으로 보는 단체의 최초사업연도 개시일
원칙적으로 승인을 받은 날이 됩니다(법인세법 시행령 §4①1호 라목). 따라서 수용 시점보다 앞서 승인을 받아 두어야 위 3년 사용요건의 기산점을 유리하게 확보할 수 있습니다.
3. 경정청구 여부
이미 양도소득세를 신고·납부한 이후라도, 뒤늦게 법인으로 보는 단체 승인을 받은 사실이 확인되고 과세제외 요건을 충족한다면 경정청구를 통해 기납부세액의 환급을 시도할 수 있는 여지가 있습니다. 실제로 조세심판원은 종중이 수용 전 3년 이상 계속하여 분묘가 있는 임야를 고유목적사업에 사용한 사실이 항공사진 등으로 확인된다는 이유로, 국세청의 경정청구 거부처분을 취소한 바 있습니다(조심 2022부1923, 2022. 6. 14. 결정).
비사업용 토지 판정과 종중 소유 농지·임야의 특례
수용되는 토지가 비사업용 토지로 판정되면 장기보유특별공제 배제 등 세부담이 크게 늘어날 수 있습니다. 다만 소득세법 시행령 제168조의14는 다음의 경우 재촌·자경 여부와 무관하게 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있습니다.
- 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지
- 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 토지
또한 종중 소유 농지·임야에 대해서는 별도의 특례가 있습니다. 2005년 12월 31일 이전에 취득한 종중 소유 농지 및 임야는 주거·상업·공업지역에 있더라도 비사업용 토지 판정에서 제외되는 것으로 국세청 유권해석이 확립되어 있습니다. 종중 토지는 통상 선대로부터 오랜 기간 관리되어 온 경우가 많으므로, 취득 시기를 정확히 확인하는 작업만으로도 상당한 세부담 차이를 만들어 낼 수 있습니다.
취득 시기 입증이 어려운 경우, 사정명의(査定名義) 당시의 종중 존재 여부와 그 후 관리·수익 관계를 종합적으로 살펴 실질 소유관계를 판단해야 하며, 이 경우 취득가액 역시 실지거래가액 확인이 어려워 환산취득가액을 적용하는 사례가 많습니다. 환산가액 적용 시 양도차익이 확대되어 세부담이 늘어날 수 있으므로, 사전에 세무 전문가와 함께 취득가액 입증자료(구 등기부, 토지대장, 종중 회계장부 등)를 확보해 두는 작업이 중요합니다.
실무 밀착형 Q&A
Q1. 종중 소유 농지를 8년 이상 종중원이 직접 경작해 왔다면, 8년 자경농지 감면(조특법 §69)을 받을 수 있나요?
받기 어렵습니다. 조특법 제69조의 자경농지 감면은 농지 소재지에 거주하며 직접 경작한 거주자(개인)를 전제로 한 규정입니다. 종중은 법인이거나 법인으로 보는 단체이므로 '재촌·자경'이라는 개인적 요건을 충족할 수 없습니다.
실무에서 종중원 개인이 실제로 경작했다는 사정만으로 감면을 주장하는 사례가 있으나, 토지의 실질 소유자가 종중인 이상 종중원 개인의 자경 사실은 인정되지 않는 것이 과세관청의 일관된 입장입니다.
다만 종중 소유 토지가 2005년 12월 31일 이전 취득한 농지·임야에 해당한다면, 비사업용 토지 제외 특례를 통해 별도의 세부담 완화 효과를 기대할 수 있습니다.
Q2. 명의신탁을 해지하고 종중 명의로 등기를 회복한 후 수용 협의에 응하면, 명의수탁자에게 증여세 문제가 생기나요?
원칙적으로 발생하지 않습니다. 명의신탁 해지에 따른 소유권 회복은 애초 실질 소유자인 종중에게 명의가 환원되는 것에 불과하여 증여로 볼 수 없다는 것이 확립된 실무입니다.
다만 이 과정에서 조세 포탈이나 강제집행 면탈 등의 목적이 있었던 것으로 의심될 경우 부동산실명법 제8조의 특례 적용이 부인되어 명의신탁 자체가 무효로 판단되고, 그 경우 소유권 귀속관계를 둘러싼 별도의 민사 분쟁으로 확대될 위험이 있습니다. 수용 협의 개시 전, 명의신탁 성립 경위와 목적을 명확히 정리한 소명자료를 준비해 두시는 것을 권합니다.
Q3. 수용보상금 중 일부를 종중원들에게 분배할 예정인데, 세무상 문제는 없나요?
법인으로 승인받은 종중이 수익이나 재산을 종중원에게 분배하는 경우, 이는 국세기본법 제13조 제2항이 정한 '수익을 구성원에게 분배하지 않을 것'이라는 요건을 위반하는 것이 되어 법인으로 보는 단체 승인이 취소될 수 있습니다.
승인이 취소되면 그 이후 종중은 다시 1거주자로 취급되어 향후 발생하는 소득에 대한 과세방식이 달라지며, 기존에 적용받았던 세제 혜택의 사후관리 이슈가 발생할 수 있습니다. 보상금 중 일부를 종중원에게 지급할 계획이 있다면, 분배가 아닌 '종중 목적사업 수행을 위한 실비 지급'의 형식을 갖추는 등 사전에 법률적·세무적 검토를 병행해야 합니다.
본 포스팅은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별적인 사실관계에 따라 세법 적용이 다를 수 있습니다. 정확한 의사결정 및 세무 처리는 반드시 전문 세무사와 상의하시기 바랍니다.